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Zefiro è un programma modulare, questo significa delle molte funzionalità di cui dispone il cliente può acquistare solo quelle di cui ha effettivamente bisogno. Le principali funzionalità vengono attivate automaticamente quando l'utente installa la versione dimostrativa del programma, altre possono essere attivate in modalità dimostrativa inserendo manualmente il codice del modulo nella procedura di attivazione del programma.

Alcuni moduli per funzionare hanno bisogno di altri moduli, ad esempio la procedura di gestione dei Cespiti necessita del modulo di Contabilità, oppure la gestione della Vendita al banco richiede la presenza del modulo di Magazzino, in ogni caso il programma richiede la presenza minima o del modulo di Contabilità o del modulo di Magazzino.

La presente guida illustra le principali funzionalità del programma, anche se queste non sono presenti nella configurazione scelta dall'utente.

I moduli disponibili sono:

CNT Contabilità È il modulo di gestione della contabilità ordinaria con  il metodo della partita doppia, gestisce anche tutta la problematica IVA e di gestione dei bilanci.
MAG Magazzino e documenti È il modulo di gestione del magazzino attraverso l'inserimento di documenti di magazzino di vario tipo
POR Scadenzario e portafoglio effetti Serve per la gestione automatica di incassi e pagamenti, ha un legame automatico con il magazzino e la contabilità e permette di gestire le distinte bancarie e le RI.BA.
SCD Scadenze impegni Con questo modulo si possono gestire scadenze generiche di varia natura.
RIT Ritenute d'acconto Serve per la gestione dei pagamenti di ritenute d'acconto a professionisti, questo modulo è collegato alla contabilità.
CSP Cespiti Serve per tenere il registro dei beni ammortizzabili e per la gestione delle scritture contabili collegate.
ANT Anticipi bancari Questo modulo è in grado di tenere conto delle concessioni di credito che le banche fanno su presentazione di fatture di vendita.
PCR Riclassificazione piano dei conti Con questo moduli si possono realizzare bilanci riclassificati secondo vari criteri per ottenere indici di bilancio, bilanci previsionali, bilancio europeo ed altro.
FTT Fatturazione semplice È una piccola procedura di fatturazione che può essere utilizzata da chi utilizza la Contabilità ma non ha bisogno di una procedura complessa di gestione documenti di magazzino.
DEP Gestione depositi e cantieri È un modulo legato alla gestione di magazzino che consente di utilizzare depositi multipli, questa procedura serve anche per la gestione della tentata vendita e per la gestione di cantieri.
VRN Gestione varianti Questo modulo consente di gestire gli articoli con varianti, utile per la gestione della produzione ed in altri casi circoscritti.
AGE Agenti e provvigioni Serve per la gestione delle provvigioni degli agenti e per i calcoli dei budget di vendita.
BCO Vendita al banco Questo modulo aggiuntivo della procedura di Magazzino serve per gestire la vendita diretta al pubblico e per le operazioni in cui è richiesta la gestione dei codici a barre.
DST Distinta Base È il modulo base per la gestione della produzione, permette di inserire le Distinte di componenti che servono per realizzare un composto, permette inoltre di inserire i documenti di produzione che scaricano la materia prima e caricano il prodotto finito.
CRM Gestione Contatti Questo modulo permette di memorizzare informazioni sui contatti che intercorrono tra l'azienda ed i propri clienti e fornitori, viene messa anche a disposizione la gestione documentale che lega a specifici clienti, fornitori ed articoli i documenti elettronici che li riguardano.
ECZ E-Commerce Questo modulo permette di interfacciare Zefiro al programma di commercio on-line ZenCart. Si possono esportare gli articoli, i clienti e tutti i dati necessari, e si possono importare gli ordini raccolti con ZenCart.
CVA Gestione veicoli usati Questo modulo è utile alle ditte che vengono autoveicoli usati. Permette di memorizzare i dati dei veicoli oggetto di compravendita e di eseguire vari tipi di procedure come ad esempio la gestione della sospensione d'imposta e la stampa dei registri di beni usati.
TVE Tentata vendita Questo modulo permette di produrre documenti di tentata vendita con l'utilizzo di terminali portatili ed il caricamento automatico degli stessi nei documenti di magazzino.
DCA Cauzioni noleggi e comodati Questo modulo viene utilizzato soprattutto per gestire le cauzioni di contenitori con cui viene consegnata la merce che viene venduta, ma può essere utilizzata anche per la gestione di noleggi e comodati d'uso, alcune procedure consentono di stampare la lista dei depositi esistenti presso clienti.
TRT Rintracciabilità alimenti Questa procedure permette di gestire la rintracciabilità degli alimenti come richiesto dal Recgolamento CE 178/2002.
PCV Commercializzazione vini Questo modulo permette di stampare i registri richiesti dalla normativa che regola la produzione e la commercializzazione di vino.
AGR Vendita prodotti per agricoltura. Questo modulo aggiunge alcune funzinalità utili per chi vende prodotti per l'agricoltura, in particolare vengono effettuate stampe speciali per la gestione dei fitofarmaci e vengono gestiti i lotti di sementi.
MTR Gestione matricole articoli Questo modulo pemette di inserire e rintracciare i numeri di matricola dei prodotti.
SCF Saldaconto fatture Questo modulo serve a coloro che emettono fatture e non gestiscono la contabilità ma vogliono tenere traccia dei saldi delle fatture e delle note di accredito emesse.
QLT Qualità ISO 9001:2008 Sono state aggiunte alcune procedure e tabelle per la gestione della documentazione richiesta per la certificazione ISO 9001:2008.
CMB Commesse forniture Questo modulo è stato sviluppato appositamente per la gestione di forniture di mobili, arredo bagno e materiale edile in genere.